Les Muffatti sont nés en 1996 à l'initiative de jeunes musiciens bruxellois désireux de se doter d'un outil de travail professionnel dans le domaine de la musique orchestrale baroque.
Après avoir travaillé pendant dix ans sous la baguette de Peter Van Heyghen, les musiciens de l'orchestre assurent désormais collectivement la direction artistique de l'ensemble, n'hésitant pas à confier la direction musicale de certains projets à des musiciens invités, tout en maintenant un équilibre entre les œuvres du grand répertoire et les découvertes.
Le nom de l'orchestre fait référence à Georg Muffat (1653-1704), compositeur cosmopolite intimement associé à l'histoire des débuts de l'orchestre ; il fut notamment l'un des premiers à formaliser les caractéristiques différenciant les styles musicaux français et italien. Le premier album de l'ensemble lui est consacré.
La discographie des Muffatti comprend à ce jour dix enregistrements (label Ramée), unanimement salués par la critique. Leur enregistrement de la Brockes-Passion de Reinhard Keiser, réalisé avec l'ensemble Vox Luminis, a remporté en 2014 les trois grands prix discographiques belges : il a été désigné disque classique de l'année par Klara, et récompensé d'un prix Caecilia (Union de la presse musicale belge) et d'un Octave de la musique classique. Leur CD consacré à des reconstructions de concertos pour orgue et cordes de Johann Sebastian Bach, avec Bart Jacobs en soliste (2019) a reçu de nombreuses récompenses, dont le Diapason d'Or de l'année en France, Het Gouden Label et le prix Klara pour le disque de l'année en Belgique, Luister 10 aux Pays-Bas, et a été nommé CD des Monats par Toccata en Allemagne. Leur dernier disque en date, Bach Triple, consacré aux œuvres de Johann Sebastian Bach pour flûte traversière, violon, clavecin solistes et orchestre à cordes, est paru en mars 2024.
Les Muffatti reçoivent le soutien de la Fédération Wallonie-Bruxelles.
