Benoît Mernier a étudié l'orgue avec Firmin Decerf, Jean Ferrard, Joris Verdin et Jean Boyer. Il a également travaillé le clavecin avec Charles Koenig. Il se produit régulièrement comme soliste dans plusieurs pays d'Europe, au Japon, au Mexique, au Canada. Ses disques ont été couronné par un Grand Prix de l'Académie du disque Charles Cros et par deux Diapason d'or.Benoît Mernier est également compositeur. À cet égard, il a bénéficié de l'enseignement de Philippe Boesmans. Ses œuvres sont jouées par de nombreux ensembles et orchestres en Europe et aux États-Unis. Il a remporté plusieurs prix internationaux et ses œuvres ont fait l'objet de plusieurs réalisations discographiques (Cyprès) dont son premier opéra Frühlings Erwachen qui lui a été commandé par le Théâtre royal de la Monnaie à Bruxelles. « Compositeur en résidence » au Palais des Beaux-Arts de Bruxelles, au festival autrichien Carinthischer Sommer ou « invité d'honneur » du Festival de Wallonie, il a écrit l'œuvre imposée pour l'une des sessions chant du Concours Musical International Reine-Élisabeth.La fondation Koussevitzky et la Bibliothèque du Congrès américain lui ont fait la commande de son 3e Quatuor à cordes pour le centenaire du Pro Arte Quartet qui a été créé et enregistré aux Etats-Unis. Le Palais des Beaux-Arts de Bruxelles lui a commandé un concerto pour l'inauguration de son nouvel orgue par Olivier Latry. Cette œuvre a fait l'objet d'une parution discographique qui lui a valu l'octroi des Octaves de la Musique 2019. Il a réalisé une orchestration du 2e Choral de Franck fort remarquée.Benoît Mernier est professeur d'orgue au Conservatoire Royal de Musique de Bruxelles. Il est également organiste titulaire de l'église Notre-Dame aux Victoires du Sablon et conservateur de l'orgue du Palais des Beaux-Arts à Bruxelles. Il est membre de la classe des Beaux-Arts de l'Académie Royale de Belgique et donne des masterclass de composition à la Chapelle Reine-Élisabeth.
