Après des études de ?ûte à bec, piano et contrebasse, François Joubert-Caillet se forme à la viole de gambe à la Schola Cantorum Basiliensis auprès de Paolo Pandolfo avec lequel il étudie également les improvisations anciennes, ainsi qu'avec Rudolf Lutz. Il a remporté le 1er Prix et le Prix du Public du Concours International de Musique de Chambre de Bruges.François Joubert-Caillet a joué avec divers ensembles de musique ancienne avec lesquels il a enregistré pour les labels Ricercar, harmonia mundi, Ambronay, K617, ZigZag Territoires, Arcana, Winter & Winter, Aparté, Glossa, Sony, Naïve, etc. En résidence à l'Arsenal de Metz, François Joubert-Caillet mène L'Achéron avec lequel il se produit sur de nombreuses scènes européennes dans diverses formations, notamment le consort de violes de gambe. Il enregistre ses disques chez Ricercar - Outhere : Le Nymphe di Rheno de Johannes Schenck en duo avec Wieland Kuijken, The Fruit of Love d'Anthony Holborne, les Ludi Musici de Samuel Scheidt (Diapason d'Or), les Ouvertures de Johann Bernhard Bach (Echo Klassik) et Fancies for the viols d'Orlando Gibbons. Depuis l'automne 2014, François Joubert-Caillet a entrepris l'enregistrement de l'intégrale des Pièces de viole de Marin Marais pour Ricercar. Ce projet titanesque (cinq Livres, plus de 600 pièces, une vingtaine de disques) a vu le jour en février 2016 avec la sortie d'un premier disque de Pièces favorites du compositeur et le 1er Livre (4 CDs) est paru en 2017 (Diapason d'Or et Choc de Classica).
