Na studies blokfluit, piano en contrabas, start François Joubert-Caillet een viola da gamba-opleiding aan de Schola Cantorum Basiliensis bij Paolo Pandolfo, met wie hij ook oude improvisaties bestudeert, en bij Rudolf Lutz. Hij behaalt de eerste prijs en de publieksprijs van de Internationale wedstrijd Musica Antiqua in Brugge.François Joubert-Caillet speelde met diverse ensembles voor oude muziek, met dewelke hij opnames maakte voor de labels Ricercar, harmonia mundi, Ambronay, K617, ZigZag Territoires, Arcana, Winter & Winter, Aparté, Glossa, Sony, Naïve e.a. François Joubert-Caillet is artist in residence bij L'Arsenal de Metz. Hij geeft leiding aan L'Achéron en doet met dat ensemble talrijke Europese concerthuizen aan in verschillende bezettingen, waaronder het viola da gamba-consort. Hij maakte opnames bij Ricercar - Outhere: Nymphe di Rheno van Johannes Schenck in duo met Wieland Kuijken, The Fruit of Love van Anthony Holborne, Ludi Musici van Samuel Scheidt (Diapason d'Or), Ouvertures van Johann Bernhard Bach (Echo Klassik) en Fancies for the viols van Orlando Gibbons. Sinds het najaar van 2014 neemt François Joubert-Caillet voor het label Ricercar de volledige Pièces de viole van Marin Marais op. Dit titanische project (vijf boeken, meer dan 600 stukken, een twintigtal cd's) leverde in februari 2016 een eerste uitgave van een cd met de favoriete werken van de componist. Het in 2017 verschenen Boek 1 (4 cd's) behaalde een Diapason d'Or en een Choc de Classica.
